Article détaillé : Massacre du 5 juillet 1962.
Les troubles commencent à 11 heures , et se poursuivent jusqu’à ce que l’armée française prenne position dans la ville, à 17 heures. Dans l’intervalle, plusieurs centaines d’Européens sont massacrés ou enlevés par des musulmans. Les Européens d’Oran dénoncent un non-respect des accords d'Évian (dont l’article V leur accorde la protection de l’armée française). Sous le choc de l’événement, beaucoup ne veulent voir dans la temporisation de près de six heures qu’une cruauté délibérée du général Katz. Les historiens (connaissant le réflexe qu’ont les militaires de toujours « se couvrir ») sont plus circonspects. Ils examinent les ordres que le général Katz a reçus de sa hiérarchie au mois de juin, sous forme d’une vingtaine de notes ou messages qui ne font que relayer la volonté des politiques d’éviter toute intervention de l’armée. Le général Katz se réfugie derrière ces ordres : il ne pouvait faire intervenir l’armée sans une demande du préfet algérien.
Les historiens se montrent également prudents au sujet d’un témoignage faisant état d'un ordre téléphonique de non-intervention que le général Katz aurait reçu de Paris, ce jour-là. Celui-ci dément. Mais, par ailleurs, il exprime son amertume de devoir « porter le chapeau » :
« Aujourd'hui encore je suis accusé d'avoir empêché mes unités d'intervenir dans cette malheureuse affaire. Pas plus qu'après le 5 juillet 1962, Paris n'a jamais fait une mise au point pour rétablir la vérité… Je m'attendais à ce que Pierre Messmer, ministre des Armées, apporte un démenti à ces accusations dénuées de tout fondement. Il n'en fut rien… J'ai trouvé la raison du silence du ministre des Armées et du gouvernement dans l'ouvrage d'Alain Peyrefitte : C'était de Gaulle, où il rapporte ce qu'avait déclaré le Général avec une sombre détermination au conseil des ministres du 24 mai 1962 : « La France ne doit avoir aucune responsabilité dans le maintien de l'ordre après l'autodétermination. Elle aura le devoir d'assister les autorités algériennes, mais ce sera de l'assistance technique. Si les gens s'entre-massacrent, ce sera l'affaire des autorités algériennes. » Voilà pourquoi aucun démenti ne fut fait en juillet 1962 car il aurait mis en cause le Général et son gouvernement. »
Le général Katz fait l’objet un mois plus tard, le 4 août, d’une citation à l’ordre de l’armée comportant l’attribution de la croix de la Valeur militaire avec palme pour, entre autres, « avoir su rétablir et préserver avec force et dignité l’autorité légale et l’ordre public ». Il quitte Oran le 13 août 1962.
Muté en Allemagne, à Coblence, il y est poursuivi par des commandos de l’OAS9. Il est nommé fin 1963 à la tête de la région militaire de Bordeaux, avec rang et appellation de général de corps d'armée. Début 1968, Edmond Michelet et Jacques Chaban-Delmas obtiennent du président De Gaulle que Joseph Katz soit élevé au rang et à l’appellation de général d'armée. Il achève sa carrière militaire en cette même année.
Plainte de familles de victimes
Le 16 octobre 1999, une plainte à l'encontre de Joseph Katz est déposée entre les mains du doyen des juges, au Palais de justice de Paris, au nom de 47 familles de victimes du massacre d'Oran, pour « complicité de crime contre l'humanité ». La plainte est déclarée recevable, requalifiée en « complicité de crimes d'enlèvements suivis d'actes de barbarie et d'assassinats », puis suivie d’un non-lieu d'informer pour prescription10. Un appel de cette décision n’aura pas de suite, en raison du décès du général Katz survenu le mardi 6 mars 2001.